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Im Illustrator bearbeiten ist auf jeden Fall der richtige Weg!
Aaaaaaber:
Indesign kann zwar EPS-Dateien verwalten, muss diese aber immer mühsam (intern) in ein PDF umrechnen.
Das kostet Zeit beim Drucken, PDF-Schreiben usw.
Falls es sich um eine CS-Version von Illustrator handelt, empfielt sich hier auf jeden Fall die Datei im Illustrator als Native ".ai" Datei abzuspeichern.
Diese enthält (sofern man das nicht deaktiviert) schon eine fertige PDF-Datei und Indesign kann schnell und sauber damit weiterarbeiten.
Sollte es aus was für Gründen auch immer, wirklich nötig sein die Pfade im Indesign nachzubearbeiten MUSS DIE DATEI FIX EINGEBETTET WERDEN!
Wie schon gesagt: Das ist aber eher nicht ratsam!