Spotlight indiziert den verbrauchten Speicher. Du kannst nur abwarten, bis Spotlight das Ganze noch einmal durchgeht oder in den Systemeinstellungen unter Spotlight -> Datenschutz das Systemlaufwerk einmal ausnehmen und dann wieder freigeben.
Das Ganze löscht aber den bisherigen Index, d.h., du wirst eine Weile (je nach Größe und Fülle des Laufwerks) keine Programme schnell über Spotlight starten können.