Der Befehl stammt vom "alten" Xcode, das selbst als es über den App-Store verteilt wurde noch per Installer zu installieren war (aus dem App-Store hat man dann eben diesen Installer bekommen). Der Installer hat dann den bekannten Ordner /Developer angelegt und dort alle Dateien abgelegt. Zur Deinstallation hat Apple gleich eine Routine beigefügt, mit der man Xcode dann entfernen kann.
Mit dem "neuen" Xcode braucht es diesen "Deinstaller" nicht mehr (zumal der Pfad auch nicht mehr existiert), da alle Programmdateien in Xcode.app im Programmeordner liegen. Löscht man Xcode.app, hat man Xcode deinstalliert. Xcode legt aber natürlich im Betrieb noch weitere Dateien z.B. in der Benutzerlibrary an (auch das alte Xcode und auch mit der Deinstallationsroutine werden diese vermutlich nicht gelöscht). Das sind die von anderen Programmen auch bekannten Einstellungsdateien, aber auch Dokumentationen, die du zusätzlich heruntergeladen und installiert hast, kompilierte Programme usw. Die müsstest du bei Bedarf manuell aus der Library löschen (ich kann mir nicht vorstellen, dass eines dieser "Programm-Lösch-Tools" das vernünftig macht), du kannst sie aber auch dort lassen, da sie nicht weiter stören sollten.