Soweit bekannt, erkennt Microsoft den Rechner anhand indiviueller Daten, die vom Kunden nicht ohne weiteres geändert werden können (Mainboard-Seriennr., MAC-Adresse, usw.), was als eindeutige Zuordnung der "digitalen Lizenz" reicht.
Zumindest erklärt das, warum man außer dem Mainboard praktisch alle anderen Bestandteile wechseln kann, ohne eine neue Lizenz zu brauchen.
Bei den Fertigrechnern der großen Anbieter (Lenovo, Dell, HP,....) wird dagegen schon im Werk ein Lizenzschlüssel ins BIOS programmiert, der zur Lizensierung verwendet wird - so wie ganz früher, als man den Schlüssel noch händisch eintippen musste, nur erfolgt das automatisch. Geht das Mainboard kaputt, ist die Lizenz natürlich weg, weil der Schlüssel praktisch "Bestandteil" des Mainboards ist.
Den genauen Ablauf/Datenerhebung ist aber nicht bekannt bzw. nicht öffentlich von Microsoft kommuniziert.
Eine Windows-Installation klone ich mit GParted, gestartet vom bootbaren Stick, weil das auch mit schwierigen Partitionslayouts umgehen kann, aber händische Eingriffe und Nacharbeit erfordert.
Grundsätzlich funktionieren fast alle freien Tools irgendwie, solange die Partitionierung einfach gehalten ist (Standard von MS), deswegen wäre das für den unerfahrenen Anwender erste Wahl, weil die oft übersichtlicher sind.