Man muss ja zwischen container und video/audio codec unterscheiden.
mov, m4v und mp4 sind erstmal nur container.
wobei sogar mov und mp4/m4v ziemlich ähnlich sind. aber mp4 ist halt "standard". mov dagegen ist propritär von apple.
ich würde mp4 als container und h.264 als video codec nehmen. da passt dann aac als audio codec dazu.
h.264 ist aber eine wissenschaft für sich. und soweit ich weiß kann das ipad nur baseline.