Das Terminal ist nicht die Shell. Ich vermute mal Bash.
Also öffne das Terminal gehe auf Einstellungen und dann schau mal was da steht. Entweder du benutzt dann den Standard aus /usr/bin/login oder du probiersts mal mit /bin/sh und überprüfst mal die .bashrc. Vllt. ist dein Programm ja auch da eingetragen. Alternativ kannst du auch mal die plist von Terminal löschen.