Du speicherst den Ordner "~/Library/Mail".
"~" steht dabei für Dein Homeverzeichnis.
Wenn Du auch deine Mailaccounts speichern willst, kopierst Du Dir noch die Datei "~/Library/Preferences/com.apple.mail.plist".
Dann musst Du nach der Neuinstallation lediglich die Passwörter nochmal eingeben.
HTH