Wie hast Du Deine Mails gelöscht? Indem Du in Mail unter Einstellungen > Accounts den betreffenden Account angeklickt hast und unten links auf das Minuszeichen geklickt hast? Dann dürften sie weg sein. Schau mal im Ordner > Dein Homeverzeichnis > Library > Mail, darin sichert Mail Deinen Account und Deine Postfächer und zwar unter dem Namen, den Du in den Maileinstellungen unter Accounts > Account-Informationen > Beschreibung eingegeben hast. Hast Du ein zeitnahes Backup von Deiner Festplatte? Dann kann Dir das Verschieben des Inhalts des Ordners Mail aus dem Backup auf Deine Festplatte weiterhelfen. Mache vorher (!!) ein Backup des jetzigen Ordners Mail auf einem externen Speichermedium. Tausche außerdem die Datei "com.apple.mail.plist" (die aktuelle Präferenzendatei ebenfalls vorher (!!) auf externes Medium sichern) aus dem Ordner > Dein Homeverzeichnis > Library > Preferences aus. Mail vorher beenden, danach Mail neustarten und schauen …
Außerdem: hast/hattest Du in den Einstellungen von Mail unter Accounts und dort unter Erweitert ein Häckchen vor "Nach Erhalt einer E-Mail vom Server löschen:"? Wenn nicht, sind noch Kopien Deiner Nachrichten auf dem Mailserver und Du könntest Sie noch ein zweites Mal abrufen. Am einfachsten stellst Du das fest indem Du Dich über das Webinterface Deines Providers in Dein Postfach einwählst und Dir den Stand Deiner dort evtl. noch lagernden E-Mails zu Gemüte führst.
Viel Glück.
Gruß, Hubertus