Ich habe das Problem auch. Früher hatte ich im Mailprogramm den Ordner "Werbung" und weiter unten "Spam" und "Trash". Im Spamordner kamen aber irgendwie andere Sachen an als im Werbungs-Ordner. Bei Anmeldung auf bestimmten Seiten, wo z.B. die Mitteilung kam, bei nicht-Erhalt der Aktivierungs-Mail im Spamordner nachzuschauen, war die Mail dann auch i.d.R. in dem Ordner "Spam", und nicht in "Werbung". Seit ich mein Betriebssystem komplett neu aufsetzen musste (weiß dummerweise nicht mehr, ob ich vorher auch schon Mavericks hatte oder nur Lion), ist der Spam-Ordner und mit ihm auch die Mails, die sonst immer dort drin gelandet sind, verschwunden (und besagte Mails sind auch nicht in "Ist Werbung"). Wenn ich aber auf web.de in meinen Account gehe, befinden sich dort im Spam-Ordner genau diese Mails, die ich über das Mail-Programm vergeblich suche. Das heißt, dass EifelRBF bestimmte Spam-Mails nicht mehr bekommt, liegt tatsächlich daran, dass der Spam-Ordner nicht mehr da ist. Die Mails sind vorhanden, man kommt aber nur an sie ran, indem man sich auf der Seite des freemail-Anbieters in seinen Account einloggt und dort auf den Spam-Ordner zugreift. Über das Mail-Programm kommt man an diese Mails einfach nicht mehr ran.
Ich vermute mal, dass im Ordner "Werbung" (bzw. jetzt halt "ist Werbung") nur die Mails landen, die das Mail-Programm selbst als Werbung einstuft, in dem Spamordner dagegen wohl immer die Mails, die der freemail-Anbieter (in meinem Fall web.de) schon als Spam erkannt und von vornherein in den Spamordner des Accountes verbannt hat. War jedenfalls immer mein Eindruck. Habe dafür aber leider auch noch keine Lösung gefunden.