Die Drehzahl ist ein Wert, den jede Festplatte "intern", für sich allein produziert. Das hat nichts mit der Anbindung an einen Datenbus zu tun. Die Drehzahl von Festplatte A ist also unabhängig von Platte B, da wird nichts miteinander synchronisiert - jede Platte gibt ihr Bestes.
Einige User nehmen als Systemplatte eine SSD und für Daten und Backups "gewöhnliche" SATAs; eine Vorgehensweise, gegen die absolut nichts einzuwenden ist (sofern man den SSDs grundsätzlich über den Weg traut - ich meine, inzwischen kann man das).
Du meinst übrigens 5.400 rpm - 5.900 wäre mir nicht bekannt... ist außerdem eine extrem "krumme" Zahl ;-)
CU
Olaf