Du musst Ordner auf dem .Mac IMAP Server erstellen, nicht lokal auf dem Mac. Wenn Du in Mail einen neuen Ordner erstellst, dann wirst Du gefragt ob Du diesen Ordner lokal auf Deinem Mac oder auf dem Server anlegen möchtest.
Nochmals zum Verständnis:
Die Ordner und e-Mails werden NICHT über den Synchronisationsdienst synchronisiert, sondern lediglich die Accounteinstellungen und die intelligenten Postfächer.
Der .Mac e-Mail Account ist ein ganz normaler IMAP Server, wie er auch von anderen e-Mail Anbietern verwendet wird. Alle e-Mails und Ordner (Postfächer) liegen auf diesem Server und bleiben auch dort. Wenn Du in Mail eine e-Mail in einen anderen Ordner verschiebst, dann wird diese auf dem Server in diesen Ordner verschoben. Diese Änderung sieht man dann auch in jedem anderen e-Mail Programm, das sich mit diesem Account verbindet. Ordner, die Du auf dem Server erstellst, sind dann auch automatisch in allen anderen e-Mail Programmen sichtbar.
Wenn Du eine e-Mail aber in einen lokalen Ordner verschiebst, der sich nicht auf dem Server sondern auf Deinem Mac befindet, dann wird die Mail lokal auf Deinem Mac gespeichert und vom Server gelöscht. In einem anderen e-Mail Programm oder an einem anderen Mac ist dieser Ordner und alle in diesem gespeicherten e-Mails dann nicht vorhanden.
Das ganze funktioniert auch mit IMAP Servern von anderen Anbietern. Ich habe in Mail z.B. noch den IMAP Server meiner Uni eingerichtet. Alle Mails und Ordner, die sich auf diesem befinden, sehe ich auch automatisch auf meinem zweiten Rechner. Das ist aber unabhängig vom .Mac Sync und vom Mac generell, weil es einfach ein IMAP Server ist auf dem die Mails und Ordner liegen.