Mac OS X-Software für Biologen

[Wuddel]

Hallo,

ich starte mal einen Thread für "uns" (keine Ahnung ob es noch andere gibt). Ich suche momentan zwei Programme. Eins fürs multiple sequence alignment (evtl. mit Clustal W-Algorithmus) und eins für die Erstellung phylogenetischer Bäume (es sollte am besten die Daten des ersten Programms importieren können.)

Ein Tipp von mir: Statt rasmol verwende ich pymol. Sehr schön. Einfaches nicht lineares curve-fitting mit Marquardt-Levenberg-Algorithmus mache ich mit gnuplot. Beides lässt sich mit fink installieren.

 

[Woulion]

Hi

Ja, es gibt noch mehr Biologen hier. Ich werde mal einen Kollegen auf den Thread aufmerksam machen, der steckt da tiefer drin. Gleichwohl, der Hausstandard heisst MacVector, für den Rest (Windows-User) Lasergene und VectorNTI, GCG via HUSAR am EMBL und über den Einsatz von EMBOSS denken wir ernsthaft nach. Ich habe mal JEMBOSS-Server auf einem Linux-Cluster gesehen, sehr beeindruckend.

So weit

HTH

W

 

[Wuddel]

BTW EMBOSS. Ich hab es auch mal per Fink installiert. Die Kommandozeileprogramme funktionieren auch. Allerdings kann ich Jemboss (der Java-Interface) nicht dazu bewegen die lokal installierten Programme zu verwenden. Es will immer auf einen Remote-Server.

MacVector liegt mit 2500 EUR nicht in der Kampfklasse eines Studenten/Diplomanden.

 

[thomsen]

hi zusammen,

kennt jemand auch gute freeware für plasmid-mapping, sequenz-analysen, primer-design, etc. brauche das zeugs für meine dipl. arbeit, wen ich nichts brauchbares finde, dann muss ich meine auswertungen und arbeiten auf der firmen-dose erledigen, was ich jedoch nicht unbedingt will.. :-(