Mac OS X-Software für Biologen

Dieses Thema im Forum "Andere" wurde erstellt von Wuddel, 17.11.2003.

  1. Wuddel

    Wuddel Thread Starter MacUser Mitglied

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    Hallo,

    ich starte mal einen Thread für "uns" (keine Ahnung ob es noch andere gibt). Ich suche momentan zwei Programme. Eins fürs multiple sequence alignment (evtl. mit Clustal W-Algorithmus) und eins für die Erstellung phylogenetischer Bäume (es sollte am besten die Daten des ersten Programms importieren können.)

    Ein Tipp von mir: Statt rasmol verwende ich pymol. Sehr schön. Einfaches nicht lineares curve-fitting mit Marquardt-Levenberg-Algorithmus mache ich mit gnuplot. Beides lässt sich mit fink installieren.
     
  2. Woulion

    Woulion MacUser Mitglied

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    Hi

    Ja, es gibt noch mehr Biologen hier. Ich werde mal einen Kollegen auf den Thread aufmerksam machen, der steckt da tiefer drin. Gleichwohl, der Hausstandard heisst MacVector, für den Rest (Windows-User) Lasergene und VectorNTI, GCG via HUSAR am EMBL und über den Einsatz von EMBOSS denken wir ernsthaft nach. Ich habe mal JEMBOSS-Server auf einem Linux-Cluster gesehen, sehr beeindruckend.

    So weit

    HTH

    W
     
  3. Wuddel

    Wuddel Thread Starter MacUser Mitglied

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    BTW EMBOSS. Ich hab es auch mal per Fink installiert. Die Kommandozeileprogramme funktionieren auch. Allerdings kann ich Jemboss (der Java-Interface) nicht dazu bewegen die lokal installierten Programme zu verwenden. Es will immer auf einen Remote-Server.

    MacVector liegt mit 2500 EUR nicht in der Kampfklasse eines Studenten/Diplomanden.
     
    Zuletzt bearbeitet: 18.11.2003
  4. thomsen

    thomsen MacUser Mitglied

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    hi zusammen,

    kennt jemand auch gute freeware für plasmid-mapping, sequenz-analysen, primer-design, etc. brauche das zeugs für meine dipl. arbeit, wen ich nichts brauchbares finde, dann muss ich meine auswertungen und arbeiten auf der firmen-dose erledigen, was ich jedoch nicht unbedingt will.. :-(
     
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