Ich würde das wenn schon mit einer zusätzlichen Partition und einem entsprechenden Eintrag in der fstab lösen (zum wahrscheinlich mangelnden Sinn siehe aber unten), alles andere ist nämlich imho unklug, denn:
Wenn ich dich richtig verstanden habe, meinst du mit "Verknüpfungen im System" bspw. die entsprechenden Verknüpfungen in verschiedensten Dialogen (z.B. Desktop-Hintergrund-Dialog linkt immer auf den Ordner "Bilder"). Gerade solche Sachen geraten durcheinander, wenn du mit den Verzeichnissen herumpfuschst, ganz abgesehen von dem, was maceis schon erläutert hat in puncto Trennung zwischen System und Benutzer / verschiedenen Benutzern. Sollte man wirklich nicht machen, Daten gehören ins User-Verzeichnis und sonst gar nirgends hin, schon bei einem einfachen Backup wirst du Schwierigkeiten bekommen, weil die Daten nicht alle an einem Ort beieinander sind.
Die o.g. Lösung ist die einzig saubere und die funktioniert auf jedem Unix-System. Du kannst bspw. eine neue Partition anlegen und diese im Home-Verzeichnis oder einem beliebigen anderen Ort (z.B. in "Bilder" unter "Privat") mounten. Das ist unter OS X allerdings beschränkt sinnvoll, insbesondere weil es wohl nicht das ist, was du wolltest.
Ich würde es lassen, Basteln mit Standardverzeichnissen gibt nur Ärger und Inkonsistenzen...
Ergänzung:
Mit dem von macais genannten "Skelett" unter /System/Library/User Template (und dann weiter nach German.lproj) sollte diese Umverlinkung - du meinst ja wohl so etwas wie unter Windows mit den Eigenen Dateien und so - möglich sein.
Aber NUR innerhalb des Userverzeichnisses und NUR als User root, weil du damit sämtliche Benutzer auf dem System beeinflusst! Das müsstest du also über die Konsole ändern, aber du solltest WIRKLICH sehr genau wissen, was du tust. Daher bekommst du auch die folgende Warnung, bevor du dort eine Änderung vornimmst (eben ausprobiert):
"We trust you have received the usual lecture from the local System
Administrator. It usually boils down to these three things:
#1) Respect the privacy of others.
#2) Think before you type.
#3) With great power comes great responsibility.
Password:"
Ich würde das lassen (auch ich persönlich, obwohl ich in puncto Bash nicht ganz unbedarft bin), es kann einiges dabei kaputt gehen.
(Aber der Hinweis 3) gefällt mir, hört sich an, wie ein Zitat aus "Spiderman"
)