Vom Funktionsumfang gibt es keine Unterschiede. Allerdings ist die Store Version günstiger da separat.
Die Pages-Version aus dem Mac AppStore ist an deine Apple-ID gebunden. Und kann auf allen deiner Macs mit Hilfe deiner Apple-ID installiert werden.
Bei der Box Version ist dies völlig unabhängig von deiner Apple-ID. Lässt sich somit auch auf anderen als deinen Macs installieren, zum Beispiel wenn man die DVD verkaufen möchte.
Kurz:
Mac-AppStore: Günstiger; an Apple-ID gebunden
DVD Box-Version: teurer; unabhängig und weiter verkaufbar.
P.S. Nach Verkauf hast du rechtlich keine Lizenz mehr und müsstes das Programm von deinem Mac löschen.