Mit etwas Arbeit ist das zu unterbinden. Am einfachsten ist es, Javascript auszuschalten, weil das Öffnen dieser Fenster eigentlich immer über Javascript gesteuert wird. Das komplette Abschalten von Javascript macht aber beim Surfen wenig Spaß, weil dann viele Dinge im Netz nicht funktionieren. Dann ist es besser, in Safari einen Javascript-Blocker als Extension zu installieren, wo man Javascript für bestimmte Seiten zulassen und für andere verbieten kann. Es gibt natürlich Seiten, bei denen man Javascript generell nutzen will/muß, aber trotzdem das Aufpoppen der (Werbe-)Seiten verhindern will. Das kann man dann auch bei Javascript Blocker einstellen, allerdings muß man dazu meist die Seite und die Scripts erst eingehend untersuchen, um zu wissen was genau man abschalten muß. Das lohnt sich nur für Seiten, die man öfter besucht, und funktioniert auch nur solange bis die Seitenbetreiber wieder was ändern.
Eine andere Möglichkeit ist Glimmerblocker, das ist ein lokaler Proxy bei dem man auch viel - fast alles - einstellen kann, und sogar Webseiten verändern kann bevor sie an Safari weitergereicht werden; also zum Beispiel Javascript-Skripte löschen. Wie immer bei einem komplexen Werkzeug ist aber die Einstellung recht aufwendig.
Am nachhaltigsten ist es, Seiten die so ein Verhalten zeigen (die meisten davon sind sowieso, sagen wir mal, "dubios" und "unseriös"), einfach nicht mehr anzusurfen. Im Normalfall gibt es für alles eine Alternative, die sich besser verhält. Die aufpoppenden Fenster sind Werbung, und wenn sich diese nicht mehr rechnet, wird der Seitenbetreiber irgendwann damit aufhören.
