Also bei einem Import von Postfächern legt Mail "immer" lokale Postfächer an. Aber da gibt es einen Unterschied beim Import.
Mail unterscheidet hier, ob man
(Ich gehe jetzt von der Struktur von Mavericks aus.)
1. Den ganzen Ordner file:///Users/Username/Library/Mail/V2/ oder (Das macht man ja vor dem Start von Mail, also man ersetzt ja eine vorhandene, leere Struktur mit der gesicherten.)
2. nur die einzelnen Postfächer aus file:///Users/Username/Library/Mail/V2/Mailboxes/ (Das ist ein manuelles zurück kopieren aus dem Programm selbst.)
in Mail importiert.
Wenn man den Ordner V2 in das neue Mail importiert, zeigt sich Mail so, wie vor einem Backup.
Wenn man die einzelnen Postfächer in das neue Mail importiert, zeigt sich Mail mit den Postfächern so, wie bei dir, die lokal angelegt bzw. importiert wurden.
Das kannst du jetzt wie folgt ändern:
Ziehe die in dem lokal angelegten Postfach einfach in die dafür vorgesehenen Rubriken bzw. Postfächer. Und wie signalgrau schon angemerkt hat, nimm die lieber blockweise. Bei deinem Mailbestand, falls der korrekt ist, wäre das nicht verwunderlich, sollte es da zu Problemen beim Kopieren kommen. Also lieber etwas mehr Zeit investieren und in 1000er-Schritten hin- und her bewegen.
PS:
Die im Papierkorb befindlichen Mails benötigst du noch? Oder nicht?
Hast du im Posteingang 87.000 Mails liegen?
Zu Pop/IMAP würde ich dir mal raten, sieh dich mal um hier. Es gibt einige Themen, die sich damit beschäftigen. Falls du keine Angaben deines Providers hast, dann schau mal auf deren Homepage oder wende dich an den Support. Die helfen dir dann weiter und geben dir die benötigten Daten.
PS2:
Nachdem du den Inhalt der Postfächer, die durch den Import lokal angelegt wurden, beendet hast, kannst du die leeren, lokal angelegten Postfächer natürlich löschen.