Ich kenne Pages nicht gut genug.
Unklar bleibt auch der Grund für deine Beobachtung, dass die Fußnoten(zeichen?) zu Beginn des Fußnotentextes plötzlich nicht mehr aktualisiert w{e|ü}rden.
Das Anwenden einer Formatvorlage, die eine zusätzliche Einrückung bewirkt, bewirkt ja nicht per se die Löschung oder Deaktvierung der Feldfunktion, die den Bezug zwischen dem Fußnotenzeichen im Fließtext und dem Fußnotenzeichen vorm Fußnotentext sicherstellt. (Ich unterstelle dabei, dass Pages in dieser Hinsicht da nicht anders als Word rangeht.)
Was – wieder in Word – mal der Fall war, als ein Update/Upgrade zu Inkompatibilitäten derart geführt hat, dass bestimmte Felder in Dokumenten alter Dateiversion in einer neueren Programmversion inaktiv wurden (und was dann später durch einen Fix behoben wurde). Was für die spätere Anzeige und Bearbeitung unter einer älteren Programmversion wieder nur solange unproblematisch war, wie niemand versucht hat, die Inhalte jener Felder in der neueren Programmversion zu bearbeiten – was dann irreversibel wurde, und auch durch den späteren Fix nicht rückgängig gemacht werden konnte. M.a.W., Spekulation: Vielleicht kommen auch hier unter Pages irgendwelche Versionskonflikte zum Tragen.