Wenn ich dich richtig verstehe, dann möchtest du mit Motion einen kleinen Clip machen den du dann in anderne Programme einfach aneinander setzen kannst um eine dauerhaften Partikelemitter zu haben, richtig?
Weil wenn es nur um ein einzelnes Projekt geht, dann kannst du ja im Motion den Emitter einfach so lang ziehen wie du möchtest, der sprudelt ja immer weiter vor sich hin.
Ansonsten würde ich mit Überlagerungen der Clips (du wirst sie ja sicher alle mit Alphakanälen ausgeben) und Überblendungen arbeiten. Das ist wohl einfacher, als den Emitter so zu basteln, dass du ihn nahtlos an einaner reihen wirst. Das Überlagern der Clips wird man hinterher eigentlich nicht sehen.