Gute Frage!? Mal als ganz spezielles Beispiel:
Du musst mit Photoshop arbeiten, und bist deshalb gezwungen, Classic in X auszuführen. Dann bräuchtest Du streng genommen überhaupt keine Erweiterungen, außer, Du möchtest/musst mit Farbprofilen arbeiten (ColorSync), oder Du möchtest dann Photoshop mit AppleScript ansprechen, etc.
Ansonsten Muss man halt den Erfordernissen entspechend entscheiden. Ich habe z.B. die Grafikkartentreiber, die ich für mein Pismo brauche, aktiv, dann die Erweiterungen, um die USB und Firewire Ports auch von Classic aus anzusprechen zu können (da fällt mir gerade auf, dass ich dies von Classic aus doch nie gemacht hatte - ich werde sie jetzt doch deaktivieren).
Vielleicht ist folgende Vorgehensweise ok:
Alles aus, Classic starten, die Programme starten, die benötigt werden, wenn die meckern, gibt man Stück für Stück die Erweiterungen dazu, die sie haben wollen.