Schlüsselbundverwaltung -> Einstellungen -> Meinen Standardschlüsselbund zurücksetzen.
Dann sind erstmal alle Passwörter weg. (Liegen noch in ~/Library/Keychains und können von dort auch wieder ins aktuelle schlüsselbund kopiert werden)
aktuell gibt es aber bei einigen (inklusive mir) kleinere probleme mit dem Schlüsselbund - ich würde 10.12.2 abwarten und bis dahin unbedingt 10.12.1 installieren.