Die NTFS-Fehlermeldung vom Windows-Installer ist falsch und dadurch irreführend. Der Grund warum es funktioniert wenn du die ganze Partition löschen lässt im Installer, und dann einfach auf "Weiter" drückst ist der, dass Windows dann nicht nur die eine System-Partition anlegt worauf Windows anschließend landet, sondern eine zweite noch dazu.
Probier das mal mit der 80GB-Platte aus, dass du die Partition löscht und dann auf Weiter drückst, abschließend von MacOS aus diskutil list betrachtest.
Das ist die 500MB große Partition die im MBR-Windows "System Reserved" genannt wird und für den Boot erforderliche Dateien beinhaltet. Die Partition ist als aktiv markiert und wird dann vom Bootloader geladen, den der Mac auf der Hauptplatine hat. Die Partition wiederrum enthält den Bootloader um dann tatsächlich Windows von der Systempartition zu laden.
Deshalb reicht es nicht die von Bootcamp erstellte einzige Partition neu zu formatieren, weil Windows dann System Reserved nicht anlegen kann. Dazu muss man also die Bootcamp-Partition löschen und dann auf Weiter drücken, damit teilt sich Windows den freien Platz in 2 Partitionen auf, 500MB und das OS auf den Rest. Wahrscheinlich sogar drei Partitionen, eine Recovery-Partition mit Windows RE, aber ich denke die ist optional und nicht zwingend erforderlich.
Aber warum zum Teufel erstellt der Bootcamp-Assistent die System Reserved nicht selbst? Das ist hier der Auslöser vom Problem, der Fehler liegt also beim Bootcamp-Assistenten, der initial die Platte falsch partitioniert. Mir scheint, Bootcamp erstellt eine 200MB-EFI-Partition für UEFI-Windows, aber BC ist legacy-MBR und es ergibt daher gar keinen Sinn für mich, eine EFI-Partition zu erstellen.
Google meint, der Bootcamp-Assistent kann verwirrt werden, wenn externe Platten angeschlossen sind oder sonstwas "unüblich" ist, sodass BC die Partitionen nicht so anlegt wie Windows sie benötigt. Angeblich hilft es alle externen Datenträger abzuziehen und zu rebooten, bevor man den Assistenten nutzt. Eventuell hängt es bei dir damit zusammen, dass du auf der Hauptplatte etliche OSX-Versionen hast.
Vielleicht würde es wie von Apple beabsichtigt funktionieren, wenn du nur die 80GB-Platte allein ansteckst, darauf GUID-OSX installierst wie üblich, und dann den BC-Assistenten verwendest. Nur eine einzige Platte. Spätestens da sollte Bootcamp richtig arbeiten und du kannst unter Windows dann nach dem Klick auf Formatieren die von FAT32 auf NTFS geänderte Partition nutzen. So meine Vermutung.
Apple hat Bootcamp nie richtig gut gemacht, allein schon dass trotz UEFI-Tauglichkeit eine legacy-MBR-Installation stattfindet ist schon verrückt genug. Es würde mich daher nicht wundern, wenn auch nur mit einer einzigen Platte Bootcamp nicht so will wie es soll. Apple ist das wohl immer schon egal gewesen. Aber eigentlich müsste es hinhauen, Apple hat vielleicht einfach nicht getestet wie das bei Usern ist die mehrere Festplatten haben, oder eine Festplatte mit mehreren MacOS-Versionen.
Da fällt mir noch was ein, eventuell liegt es nicht daran dass du zwei Platten hast, sondern an der Anzahl der Partitionen insgesamt. Vielleicht hat der Bootcamp-Assistent da einen Bug und kann nicht "weit genug raufzählen" - du hast immerhin schon ohne Bootcamp 10 Partitionen auf deiner Hauptplatte...
Ich würde gerne mitprobieren, hab aber selber den letzten Mac Pro schon lange verkauft, und mein Standrechner ist ein Hackintosh wo das Windows natürlich nativ ohne Bootcamp läuft. Meine Macbooks sind alle ASi und unterstützen somit gar kein Bootcamp mehr.
