Ich kann hier nur meine Erfahrungen wiedergeben. Ein weiterführender Einstieg in das Thema Videoformate ist sicherlich was für einen Experten, der ich nicht bin.
Ich glaube, zuerst stellt sich die Frage, für was das Ergebnis sein soll: ein Internetfilmchen oder DVD etc.
Ich habe eigentlich bisher nur für DVD geschnitten. So habe ich als Ausgabeformat immer "QuickTime Film" verwendet. "Exportieren -> QuickTime Film" ist hier die schnellste Methode, da meist nicht neu konvertiert wird. Das Ergebnis entspricht den Projekteinstellungen, also i. d. R. PAL Anamorphotisch (=16:9) oder nur PAL (=4:3).
"Exportieren -> QuickTime Film konvertieren" erlaubt viele Einstellungen, erfordert aber eine neue Konvertierung des Materials und ist entsprechend zeitaufwändig. Hier kann man beim Format "QuickTime Film" das gewünschte Ausgabeformat unabhängig von den Projekteinstellungen aussuchen, z. B. auch PAL anam.
Bei anderen Formaten, wie z. B. MPEG4, muss jemand weiterhelfen, der hier besser Bescheid weiß.
Zur Not reicht vielleicht auch weiteres Experimentieren mit einem Testprojekt: einen kurzen Clip in der fertigen Sequenz in ein Testprojekt kopieren, mit den Exportparametern spielen, ausgeben und das Ergebnis beurteilen. Dauert bei kurzen Stücken nur eine Minute.
Noch mal zur DVD. Falls das Ergebnis auf DVD soll, einfach QuickTime verwenden, den Rest erledigen dann iDVD, Toast oder was auch immer.