Ich werde noch eine Sache ausprobieren, sobald ich Luft habe:
Alle Verknüpfungen liegen im selben Verzeichnis. Wenn ich das Verzeichnis nun verschiebe und die Datei erneut öffne (Fehlermeldung wegen fehlender Verknüpfungen) sollte es ausreichen, alle Verknüpfungen im Fenster "Verknüpfungen" zu markieren und dann über "Erneut verknüpfen" eine der Dateien im Verzeichnis auszuwählen. In der Folge sollte iD automatisch auch alle weiteren Verknüpfungen neu herstellen (Das habe ich eben mit eine Testdokument und 3 Verknüpfungen ausprobiert).
Nun ist eben die Frage, ob dabei eine fehlerhafte Datei gefunden und gemeldet wird oder nicht, bzw. ob das neue Verknüpfen der Datei die "Verwirrungen" austreibt. Ich werde dann berichten.