Wie Du ja inzwischen gemerkt haben dürftest, ist das "Aufräumen" nicht notwendig.
Es gibt - wie mbaeuml andeutet - so genannte CronJobs, damit räumt das System sich selbst auf, quasi. Davon gibt es welche, die täglich, wöchentlich und monatlich(?) automatisch durchgeführt werden. Wenn man den Rechner aber ausschaltet, so setzt sich die Uhr wieder auf Null - deshalb mal über Nacht laufen lassen.
Wenn man das nicht machen kann/will, dann gibt es Onyx, ein Programm, dass die CronJobs ausführt, wann man möchte. Es leert auch noch die Caches von den Browsern zum Beispiel, repariert die Zugriffsrechte und v.a.m. Wichtig dabei ist, - wenn man sich nicht auskennt - nur das von Onyx machen zu lassen, was es selbst vorgibt. (Häckchen setzten)
Ich mach das ab und an (zwei drei mal im Jahr) und der Rechner läuft danach wirklich schneller, nicht nur gefühlt.
Nicht verunsichern lassen, das Thema: Festplatte defragmentieren und System aufräumen sind ein rotes Tuch hier im Forum für die eingefleischten Macies.
gruss
franke
PS Onyx kannste einfach googeln oder bei versionstracker mal schauen