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Da ich nicht auf dem Server die "falschen" Ordner löschen kann, werde ich wohl damit leben müssen, ab und zu (bei einer anderen Mail-App) die Zuordnungen neu zu machen.
du kannst mit thunderbird grundsätzlich alle ordner abonnieren und damit auch die "falschen" ordner löschen, ausser es handelt sich um die wenigen vom imap server als essentiell betrachteten.
es gibt RFCs, nach denen sich die hersteller richten können, aber halt auch immer fortschritt oder verschiedene meinungen und interpretationsspielräume.