Diagramme im PDF-Format erzeugen

[Wuddel]

Ich möchte zur Verwendung mit LaTeX/pdftex wissenschaftlich korrekte (kein Firlefanz) Diagramme im PDF-Format erstellen. Die Linien sollten dann auch wirklich als Vektordaten vorliegen. Momentan geht es um ein recht einfaches Säulendiagramm.

Ich habe bisher Excel verwendet und per Drucken-Dialog das Diagramm ins PDF-Format konvertiert. Leider stört da der "Papierrand" sehr stark. Die Abbildungsunterschriften stehen dann sehr weit vom eigentlichen Inhalt ab und auch sonst sind die Dateien eher unbrauchbar. Vor allem mit mehrspaltigem Satz. Das Zurechtschneiden der Dateien mit GraphicConverter erzeugt ziemlich riesige PDFs die auch recht pixelig wirken.

Gibt es eine Möglichkeit saubere Diagramme im PDF-Format zu erstellen? Gerne auch außerhalb von Excel mit Unix-Tools (mit Gnuplot geht ja sowas für "Plots").

Problem: Leider darf das ganze nichts Kosten. Auf jeden Fall nicht in der Größenordnung von Aabel (250 $) oder Acrobat.

 

[weinford]

Sorry, genau die Aufgabe hatte ich auch, aber unsere Uni hat ne Campus-Lizenz von Acrobat und damit ging es natürlich super. Acrobat kann übrigens auch als EPS speichern. Andere tools kenne ich leider nicht.

 

[Wuddel]

Von Campuslizenzen können wir nur träumen, erst recht für Mac. Ich habe auch mal Acrobat 6 Pro in Verbindung mit Excel getestet auf einer Einzelplatzinstallation an der Uni, aber 1. ist da der Papierrand immer noch dran und 2. Ergab es ein PDF 1.5-Dokument was pdftex nicht einbinden kann (max. PDF 1.4). Aber das ist keine Option für mich, da mir dieser Rechner nicht regelmäßig zur Verfügung steht und ich die Uni bald hinter mir lasse.

Außerdem sind die Excel-Diagramme ja auch keine Freude und werden kaum den Ansprüchen an eine Publikation gerecht.

EPS geht nur mit latex. Ich wollte mir eigentlich das ganze Konvertieren ersparen und direkt pdftex einsetzen.

 

[weinford]

Es gibt in Acrobat 6.0 pro ein Werkzeug zum beschneiden (crop), damit habe ich die Papierränder wegbekommen.

Ansonsten fällt mir noch der Weg über PS-Drucker in Datei-Drucken und dann weiterbearbeiten ein. Aber Du willst ja PDF, insofern wäre der Umweg auch Unsinn.

 

[Wuddel]

Genau. Da war ich auch schon glücklich als ich das gefunden habe. Es macht aber ein PDF 1.5 Dokument mit dem pdftex nix anfangen kann. Außerdem wie gesagt: teuer!

 

[MacErik]

Du kannst doch mit Preview auch PDF-Dateien beschneiden. Dabei bleiben auch die Vektoren erhalten.
Erik

 

[Wuddel]

Dank 'Hans Solo' aus dem MacWelt-Forum habe ich eine Alternative ausfindig machen können:

Grace (kann PDF-Ausgabe, siehe Gallerie)

Aber fink will nicht. Das Programm startet nicht und meldet:

dyld: grace can't open library: /sw/lib/libdl.0.dylib (No such file or directory, errno = 2)
Trace/BPT trap

 

[Wuddel]

BTW Meine Diagramme sind nur noch Schrott (werden gedreht und abgeschnitten) wenn ich sie mit Preview schneide und abspeichere.

 

[martyx]

hast du mal eine test-datei zur hand?

 

[Wuddel]

Wenn ich die mit Preview schneide gibts Humbug.

test.pdf auf meiner iDisk (renewuttke)

 

[martyx]

Original geschrieben von Wuddel
Wenn ich die mit Preview schneide gibts Humbug.

test.pdf auf meiner iDisk (renewuttke)

warum nicht einfach einen ganz normalen link?

 

[Wuddel]

Habs nach test.pdf verschoben.

 

[YoEddi]

ich mach es auch immer so, das ich diagramme als pdf drucke (als 1.3 oder 1.4, kann acrobat distiller 6 beides) und danach mit acrobat beschneide. die ergebnisse sind immer wunderbar.

ich habe mal deine testdatei geladen. willst du sie als 1.4 wieder haben?

cheers

 

[Wuddel]

Ja. Schick sie mir ruhig zu (an .mac). Allerdings kann die Acrobat-Lösung keine Dauerlösung sein. Da muss ich immer erst meine Excel-Dateien draufschieben und der Rechner ist nicht mehr lang in meiner Reichweite.

 

[martyx]

tja, leider habe ich keine lösung für 0,- € zur hand.

vielleicht gibt es hier eine lösung? kann ich mir zwar nicht vorstellen, aber wer weiss? ansonsten hier mal nach software stöbern. hast du aber bestimmt auch schon gemacht, gell?

 

[MacErik]

@Wuddel: Hast du das Diagramm wirklich aus dem Druckdialog einer aktuellen Excelversion abgespeichert? Wenn ich dies tue, bekomme ich andere Erzeugerangaben (Excel und Mac OS X 10.3.2 Quarz PDFContext) und das PDF läßt sich problemlos mit Preview beschneiden.
Erik

 

[Wuddel]

Ja, bin ich. Allerneuste Office v. X. Version auf 10.3.2.

Langfristig will ich sowas alles hiermit erledigen. Aber als Anfänger braucht man noch 2 Tage für so ein Diagramm

 

[MacErik]

Ich verstehe trotzdem nicht, woher die Unterschiede kommen:
Bei dir:
Anwendung: Excel: cgpdftops CUPS filter
PDF erstellt mit: Acrobat Distiller 6.0.1 for Macintosh

Bei mir:
Anwendung:Excel
PDF erstellt mit: Mac OS X 10.3.2 Quarz PDFContex

Da müssen wir doch unterschiedliche Sachen benutzen, bzw. installiert haben. Fakt ist, bei mir klappt es wunderbar und bei dir offensichtlich nicht.
Erik

 

[Wuddel]

Ich weis jetzt auch gar nicht mehr auf welchem Rechner ich die erstellt habe.

Hier noch mal mit dem Drucken-Dialog: renewuttke/test2.pdf

Sorry. Ich habs noch mal zu Hause gemacht und die Drucken-Dialog-Datei kann man wirklich korrent mit Preview schneiden unter Erhaltung der Vektoren. Damit ist mir schon mal sehr geholfen.

Langfristig werde ich aber wohl nur mit R glücklich

 

[Wuddel]

R

Also nach fragen und probieren habe ich den Plot dann doch erstaunlich einfach mit R gezimmert. rtqpcr.tbl ist eine einfache Textdatei, die man z.B. aus Excel exportieren kann und ein bestimmtes (sehr einfaches) Format hat. Das ging so:

dat <- read.table('rtqpcr.tbl', header=T)
pdf(file='plot.pdf')
barplot(t(dat), beside=T, ylab='fold change', xlab='Gene', legend.text=T, ylim=c(0, 4))
dev.off()

Ergebnis kann man sich hier anschauen: renewuttke/rplot.pdf