Das Problem ist so alt wie 10.5.x, wo das alles seinen Lauf nahm.
Abhilfe schafft nur, die Mails auf manuellen Abruf zu stellen und IMAP / Push auszumachen.
Hatte das Problem unter 10.6.8 auch, habe mir dann in Mail einfach eine "Regel" erstellt, dass ein Ton abgespielt werden soll wenn ich eine eMail auf meine Adresse bekomme.
Seit dem funktioniert es wieder wunderbar.