Ich habe keine Ahnung was du genau meinst. Wenn du beispielsweise BibDesk nimmst (ja, ist eine Literatur- und keine Dokumentenverwaltung, aber das Prinzip sollte übertragbar sein), kannst du dort Einträge erstellen und bei jedem Eintrag eine beliebige Anzahl an Dateien als Anhang angeben. Die Dateien liegen weiter an dem Ort, an dem sie vorher gespeichert waren, es wird sozusagen nur der Pfad zur Datei gespeichert. Aus BibDesk heraus kannst du dann diese Dateien mit dem dafür vorgesehenen Programm (PDF/Bild-Betrachter usw.) öffnen, bearbeiten und dann auch wieder speichern. Du kannst also mit einem PDF-Betrachter deiner Wahl beliebige Bookmarks in deine PDF-Dateien hinzufügen und neben der PDF-Datei auch Bilder und/oder Videos ablegen.
Oder was genau meinst du mit "Bookmarks zu unterschiedlichen Themen". Meinst du damit Schlagworte, Stichpunkte oder Tags? Das geht natürlich auch. Du kannst den Einträgen verschiedene Tags zuweisen und dann in deiner Suche gezielt diese Tags als Suchkriterien verwenden. In dem Fall wäre es aber vermutlich sinnvoller, jede Datei als eigenen Eintrag zu anzulegen. Das gilt natürlich nur für eine Literaturverwaltung, bei Dokumentverwaltungen arbeitet man ja direkt mit den Dateien und kann diesen Stichworte zuweisen und auch nach diesen filtern.
Wenn es das auch nicht ist, weiß ich nicht, was du meinst/willst.
