Ja, weil Windows eine andere Codeseite benutzt. Eigentlich benutzt es sogar zwei, nämlich die 850 beim notepad und die 437 beim edit.
Auch die Zeilenumbrüche dürften nicht stimmen, da unter Unixen nur cr, und unter Windows cr + lf als markierung für den Umbruch benutzt werden.
Gibt bestimmt Tools, die das korrigieren, mir fällt aber grad keins ein.