QuickTime kann MPEG Datei nicht mit Ton konvertieren. Alle Dateien, die in iMovie eingespielt werden müssen aber zunächst in DV (von QuickTime im Hintegrrund) konvertiert werden. Deshalb geht der Ton dabei verloren. Du könntest ffmpegX oder MPEGStreamClip versuchen und die Dateien vor dem Import in DV umwandeln. (MPEGStreamClip finde ich einfacher)
@MacLane: Während dem Import gar nicht. Aber nach dem Import kannst du in iMovie in der Timeline den Ton für die VideoSpur abschalten, oder den Ton eines Clips extrahieren und dann löschen.