Kritik
Nachteilig an Skype ist die Verwendung von proprietären Protokollen. Die Software ist mit anderen VoIP-Angeboten, welche mit den offenen Standards SIP oder H.323 arbeiten, nicht kompatibel. Freie SIP-basierende VoIP-Clients und Server sind hingegen ebenso im Internet verfügbar, beispielsweise X-Lite oder Jajah als Softphone und SER (SIP Express Router) als SIP-Proxy. Führend im Bereich der VoIP-Server ist derzeit Asterisk; an einer Protokollunterstützung wird gearbeitet.
Skype wird in vielen Unternehmens-Netzwerken nicht zugelassen, da die eingesetzte Peer-to-Peer Technologie von den Verantwortlichen als sicherheitstechnisch fragwürdig eingestuft wird.
Des Weiteren erzeugt der Betrieb von Skype durch seine P2P-Technologie den typischen und unvermeidlichen permanenten Datenverkehr (z.B. durch Telefonbuch-Anfragen von anderen Peer's). Vermutet wird, dass sich dieser auf mehrere Gigabyte im Monat belaufen kann, ohne auch nur ein Telefongespräch geführt zu haben. Es soll Nutzer treffen, die ständig online sind und deren Rechner als Skype-Netzknoten genutzt werden. Konkrete Fälle sind aber nicht bekannt. Ansonsten sind im Leerlauf zwischen 50 Megabyte bis immerhin 1 Gigabyte je Monat einzuplanen. Eine Stunde telefonieren verbraucht ca. 30 Megabyte [7].
Wenn der Account mehr als 6 Monate nicht genutzt wurde, muss nicht verbrauchtes Skype-Out-Guthaben durch erneute Einzahlung wieder aktiviert werden. Die registrierten Accounts bleiben allerdings weiterhin aktiv.
Für Unmut bei vielen Anwendern sorgte im Frühjahr 2006 die Erweiterung der Funktion für Konferenzschaltungen in der Version 2.0 der Skype-Software, die nun 10 statt 5 Teilnehmern zuläßt – allerdings nur, wenn im Rechner des Konferenzleiters ein Dualcore-Prozessor der Firma Intel arbeitet. Die offizielle Begründung dafür war ein enormer Leistungsbedarf derartiger Funktionalität, den laut Skype und Intel nur diese Prozessoren decken könnten. Die zu jenem Zeitpunkt aktuellen Athlon 64-CPUs des Intel-Konkurrenten AMD boten jedoch keineswegs weniger Leistung, weshalb diese Kopplung der Funktionalität an bestimmte Prozessoren schnell als reiner Marketing-Trick galt. Tatsächlich erschien nach wenigen Wochen ein Hack für den Skype-Client, der die 10er-Konferenzen auch auf anderen CPUs freischaltete und damit die Behauptungen von Skype und Intel als unwahr entlarvte.
