Das Problem bei allen diesen Lösungen (Onyx als eher "professionelle" Anwendung, CleanMyMac u. a. für "normale" User) ist die Undurchsichtigkeit. Zu schnell wird suggeriert: "Klick hier, dann räume ich alles auf und du bekommst 20GB mehr Speicher". Ob da wichtige Daten dabei sind, kann man vorher und in der Kürze der Zeit nicht nachvollziehen. Wenn danach dann ein Programm nicht mehr startet (und man das manchmal erst Tage später merkt), dann sieht man nicht die Verbindung zu dieser Aktion und meldet sich im Forum à la "ich habe nichts gemacht und plötzlich startet diese App nicht mehr".
Zusätzlich wird oft mit dem Unwissen der User gespielt; den Cache zu löschen bringt bspw. meistens keinen Geschwindigkeitszuwachs, sondern verlangsamt eher, weil der Cache neu aufgebaut werden muss... sieht aber natürlich schön aus, wenn ich in meinem Programm einen bunten Knopf habe, der "aufräumt"
Ich würde es einfach dabei belassen – was AppCleaner nicht gefunden hat, wirst du händisch vermutlich auch nicht leichter zuordnen können. Und wenn du doch einen Ordner ganz klar einer App zuordnen kannst, die du nicht mehr hast, dann kannst du ihn auch manuell löschen.
Wenn es ganz arg stört, dann wird eben ein Backup der Daten gemacht und bei der nächsten Hauptversion von macOS ein clean install vorgenommen, die Daten manuell kopiert und Programme neu aus dem Internet geladen, alle Einstellungen neu vorgenommen, Mailaccounts eingerichtet etc. Was man sich davon verspricht, weiß ich allerdings nicht (außer bspw. beim Wechsel des Geräts nach x Jahren mit Architekturwechsel, da habe ich das auch schon mal gemacht).
