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Mein mini erkennt externe Festplatten (sei es FireWire oder USB2) erst wenn man die geräte 2-3 mal an uns ausschaltet. Es ist reine glückssache, wann er sie denn nun mal findet.. beim ersten mal hat es jedoch noch nie geklappt kann man vielleicht irgendwo die Erkennung manuell starten?
Meinst du mit "erkennen", dass er sie automatisch mountet oder dass sie im Festplattendienstprogramm erscheint? Im Dienstprogramm sollte sie immer sein. Gemountet sollte sie automatisch werden oder du verwendest z.B. das Tool "Mount Me!" dafür.
Ich verwende eine Seagate Barracuda 7200.7 200GB in einem MacPower Pleiades800+ (USB2.0, FW400, FW800) und bin sehr zufrieden mit dieser Kombi.