Beende mal Mail.
Gehe dann in deinen Library Ordner. (Im Finder mit gedrückter alt Taste unter "Gehe zu"
Dann in den Ordner "Mail" - "V2" "MailData"
Kopier zur Sicherheit alles was mit "Envelope" anfängt auf den Schreibtisch oder wohin du möchtest.
Lösch alle Dateien die mit "Envelope" anfangen.
Starte Mail neu.
Mail wird dann seine Datenbank neu anlegen. Das kann je nach Mailaufkommen etwas dauern.
Nach dem neuen Indisieren sollten auch deine Mails wieder auftauchen.