Mal ne Kurzanleitung auf die Schnelle:
• Du brauchst dich eigentlich nur um die Ordner innerhalb deines Heimverzeichnisses zu kümmern. Also um die Ordner unterhalb von Festplatte>Benutzer>Benutzername.
Alle anderen Order sollte das System selbständig im Griff haben. Falls es mal irgenwo Probleme gibt, fragst du am besten hier im Forum nach.
• In deinem Heimverzeichnis kannst du die angebotenen Ordner für Musik, Dokumente, etc nutzen und/oder nach Belieben eigene Ordner(strukturen) erstellen. Was in dem Ordner Library und seinen Unterordnern passsiert (wie z. B. Application Support), braucht dich in der Regel nicht zu kümmern. Denn auch hier werden Ordner und andere Dateien von Programmen und vom System automatisch verwaltet.
• Wenn das System einen Ordner "versteckt", indem es z. B. die iPhoto Library nicht sichtbar als Ordner darstellt, dann hat das auch seinen Grund. Im Fall von iPhoto beispielsweise ist die Library versteckt, damit man nicht einfach Fotos, Bilder oder andere Dateien dort verschiebt oder gar löscht. Das führt nämlich in der Regel dazu, dass die gesamte Verwaltung der Bilder innerhalb von iPhoto ins Straucheln gerät.
In solchen Fällen bedient man die Programme lieber "Mac-like". Willst du beispielsweise in iPhoto an ein oder mehrere Bilder, dann markier sie in iPhoto und zieh sie in einen Ordner im Finder. Schon hast du eine Kopie und die Ornderstruktur samt Verwaltung in iPhoto bleibt verschont.
Fazit: Mach es dir einfach. Kümmere dich nicht zu sehr um die Innereien des Systems. Kümmere dich lieber darum, was du mit den Programmen anstellen kannst, werde kreativ und glücklich.