Das hat aber nix mit Fragmentierung oder Defragmentierung zu tun. OS X sortiert auch seine Daten nicht neu, wenn man die Maschine über nacht durchlaufen lässt. Richtig ist folgendes:
Es laufen in der Tat nachts verschiedene Scripts ab, die das System bereinigen. Sie löschen beispielsweise alte Logfiles oder bauen eine Befehlsdatenbank neu auf.
Was hat das alles mit Fragmentierung zu tun? Nix. FAT(32) und NTFS verteilen die Daten in einer ganz bestimmten Art auf der Festplatte. D.h., wenn ein Datum kommt, wird dieses auf dem ersten freien Block auf der Festplatte abgelegt. Ist das Datum nun länger, als ein zusammenhängender Block, so wird es aufgeteilt und auf den nächsten freien Platz aufgeteilt. Dies ist besonders dann schlecht, wenn auf der Platte viele, kleine Dateien gelöscht werden und zwischendurch grössere angelegt werden. Denn diese grösseren Füllen zwar die kleinen Lücken, aber werden auch auf der ganzen Platte verstreut. Das kostet Zeit und Lebensdauer der Plattenmechanik.
Intelligentere Filesysteme, die in erster Linie im Unixumfeld anzutreffen sind, gehen hier anders vor. Diese plazieren Daten nämlich dort, wo sie an einem Stück auch hinpassen. Nur wenn es sich nicht vermeiden lässt, also wenn die Platte nahezu gefüllt ist, werden kleine Blöcke mit Fragmenten grosser Dateien gefüllt.
Mac OS X geht genau so vor. Aber: Dateien grösser 20MB werden automatisch so umgelagert, dass sie optimal auf die Platte passen. D.h., wenn nichts los ist, dann defragmentiert OS X die Platte selbstständig, aber nicht komplett, sondern nur alles ab 20MB Grösse.
Der Grund, warum man nun den iPod nicht als Bootmedium nutzen sollte ist folgender: Das Gerät ist darauf ausgelegt, Files ab ca. 2 MB Grösse zu bewegen. Die Platte im iPod ist nicht auf Dauerbelastungen und Wärme ausgelegt, die bei einem Bootvorgang, oder bei einem permanenten Betrieb auftreten. D.h. die Lebensdauer verringert sich deutlich. Vermutlich hat Apple aus diesem Grund von dem sog. "Home on iPod" Feature Abstand genommen. Dieses sollte das Homeverzeichnis auf den iPod legen, damit man auch an fremden Macs so arbeiten kann, wie daheim.
Also: Du kannst durchaus davon booten. Ich würde es aber lassen, da die Wärme doch enorm wird. Ausserdem schadet diese auch dem Akku des iPod.