Hallo im Forum.
Ich bin jetzt kein Pages-Nutzer, aber Anhand deines Bildschirmfotos versuch ich mal auf die Schnelle ein paar Bemerkungen:
1. Was hast du gelöscht? Das Fußnotenzeichen im Fließtext oder den Fußnotentext?
2. Bleibt diese Leerzeile auch nach Schließen und Wiederöffnen des Dokuments? Oder nach hin- und herrollen (auf die nächste Seite und wieder zurück)?
3. Schalte einmal die Steuerzeichen in der Anzeige ein (sowas wie ¶, das die Absätze sichtbar macht). Ist da in der Zeile was zurückgeblieben (und sei es eine einsame Absatzmarke)?