Hallo Harry G.
Es gibt Befehle für das Terminal, um sich die versteckten Systemdateien anzeigen zu lassen. Ob das jetzt so viele sind, wie bei dir beschrieben, weiß ich nicht auswendig. Je nach Kenntnisstand deinerseits, würde ich aber ohne hinterfragen nicht einfach im Terminal herum experimentieren.
Zweitens: Ja, es gibt natürlich gewisse Programme, die "offensichtlich" etwas im System verschieben, löschen oder kaputt machen. Meistens tritt mit solchen Programmen das letzte genannte ein. Tue dir und deinem Mac den Gefallen, und lasse die Finger von den besagten Programmen. OS X macht das dank seines Unterbaus selbst und es ist kein manuelles Schrauben, Tunen oder sonst etwas am System notwendig.
Was zu einem stabilen System beiträgt:
Nicht jede Trial laden, die man kurz ansieht, nur weil man wissen will wie die GUI aussieht. Nicht jede Testversion einer CD einer Zeitschrift laden, nicht dieses und jenes installieren und nach ein paar Tagen wieder in den Papierkorb ziehen, nicht auf jeden Link in einer Mail klicken, nicht auf jeden Ratschlag eines Freundes hören, der meint "Hey, das musst du probieren." oder Ähnliches in der Art.
Nicht im System wild herum kopieren, herum verschieben oder den Benutzerordner umbenennen oder sonst etwas. Lasse dich auf die Verwaltung des Systems ein und du wirst lange ein stabil laufendes System haben. Lasse dem Management des OS X die Entscheidung und kümmere dich um deine Daten, das ist das beste, was du tun kannst. Lasse die Finger von Optimierungsprogrammen, Systemverbesserungen, Löschprogrammen usw.
Um auf die große Anzahl von Dateien, zu kommen. Hast du den Benutzer eventuell verschlüsselt? Wie lange hast du den Mac schon? Welches OS X hast du? Hast du immer nur OS X über OS X installiert oder auch mal eine Neuinstallation gemacht? Oder hast du ein Backup auf dem Mac? Oder hast du so viele Backups deiner eventuell vorliegenden iDevices auf der Festplatte gehabt? Da gibt es einige Dinge, die viele Daten produzieren.
