Vielleicht sollte man auch mal in die Innereien von Numbers schauen. Da Du ja schreibst, dass es aufwändig ist, die
Daten in Numbers hinein zu bekommen, könnte ein Versuch mit verschiedenen Formaten Unterschiede aufzeigen.
Auch das direkte hineinkopieren, könnte vielleicht schneller gehen.
Ein weiterer Punkt könnte sein, als was die Messwerte in Numbers vorliegen. Das Zellenformat steht standardmäßig auf automatisch.
Numbers versucht dabei das richtige Format zu finden. Das könnte bei etlichen Tausend Daten vielleicht zeitintensiv sein.
Du solltest also auch ausprobieren, ob eine Umstellung z.B. auf explizite Zahlenformate Verbesserungen bringt.
Auch natürlich bei der Ausgabe als Diagramm.
Daraus könnten sich die Unterschiede erklären.