Der User, unter dem der Webserver läuft, muss Zugriff auf die Datei haben. Alle andere nicht. Wenn die Datei dem User "Webserver" gehört, kannst Du die Rechte so vergeben:
-rw------- 1 webserveruser webservergruppe 17 Nov 28 22:12 meinedatei
Es ist egal, welche Rechte das Skript, das diese Datei lesen soll, hat! Ob man etwas lesen darf oder nicht hängt von User, Gruppe und den eingestellten Rechten der jeweiligen Datei ab.
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Stimmt nicht ganz: Der User, dem diese Domain zugeordnet ist, muss Zugriff haben! Bei Plesk z.B. User: loginname, Gruppe: psacln
Ach ja und noch was: wenn die PW-Datei ausserhalb der Document-Root abgelegt ist, kannst Du Dir den Verzeichnisschutz sparen. Wie soll der Webserver denn darauf zugreifen können? Liegt doch ausserhalb seines Hoheitsgebiets!